Shabaka là con của vua Kashta và có thể với hoàng hậu Pebatjma, tức là anh em ruột với vua Piye. Tuy nhiên, một số tài liệu lại cho rằng, ông là con của Piye. Shabaka đã lập Qalhata, con gái của Piye, làm Chánh cung[2]. Cả hai có với nhau ít nhất một người con, là vua Tantamani[3].

Shabaka cũng có với thứ phi Mesbat một người con trai, là Đại tư tế Amun Haremakhet[3]. Tên của Mesbat (hoặc Masabat) được biết đến trên cỗ quan tài của Haremakhet[4][5]. Ngoài ra, Shabaka còn có hai người con gái không rõ mẹ:

• Isetemkheb H, mang danh hiệu "Chị em của Vua" và "Người vợ hoàng gia vĩ đại". Vì thế Isetemkheb H chắc chắn đã lấy người anh em của mình, Tantamani[5].
• Piankharty, cũng kết hôn với Tantamani, xuất hiện trên một tấm bia cùng với chồng và thái hậu Qalhata[6].